Импульсы поступают в неокортекс (кора больших полушарий), где проводится интерпретационный анализ раздражителя. В зависимости от: типа раздражителя, интенсивности воздействующего фактора и от сопутствующих обстоятельств, ЦНС формирует рефлекторный ответ в виде усиления либо снижения потоков импульсов к органам-исполнителям: кора надпочечников, тимус, щитовидная железа, гипоталамус, лимбические структуры, ретикулярную формацию. Центральная нервная система получая сильный поток импульсов, формирует алгоритм действий для рефлекторного ответа на воздействие с целью выровнять потоки импульсов от разных источников и тем самым вернуть организм в состояние гомеостаза. В рефлекторном ответе на стресс не целесообразно выделять какие-либо сегменты или тела ЦНС (гипоталамус, лобная кора, лимбические структуры, ретикулярную формацию) поскольку при выработке алгоритма действия задействованы все структуры, но в различной степени. Уровень активности сегментов головного мозга должна инициировать нервная система путём оценки состояния организма в зависимости от информации поступающей от всех рецепторов индивида. Поэтому метод РРИ безопасен для здоровья индивида, поскольку в соответствии с принципом самосохранения, нервная система не может сама себе навредить.